危害欧洲鳗鲡的寄生虫主要有车轮虫、杯体虫、斜管虫、小瓜虫、两极虫、拟指环虫、三代虫和鳗居线虫。危害美洲鳗鲡的主要是白点虫、车轮虫、粘孢子虫和指环虫等。
对于寄生虫病，一般采用生石灰彻底清塘来预防，另外可用福尔马林(每立方米水用25-30克)来药浴，每次12小时，隔天1次。也可用中药来治疗，方法是：每立方米水用五倍子4克，煮沸15分钟，和新鲜大蒜10克捣汁混合后全池泼洒。
对于比较顽固的欧洲鳗鲡拟指环虫，可用如下方法治疗：傍晚换注新水后，将水位降低;每立方米水用甲苯咪唑纯品0.7-1.0克，先用温水化开，全池泼洒，水浴24小时后换水，并调至用药前水位;每立方米水用福尔马林30克全池泼洒，水浴12小时后加水至原水位。1周后重复1次。
对于鳗居线虫，可以从切断其生活史的途径人手，如定期施用90%晶体敌百虫(0.3-0.5毫克/升)，可杀死中间宿主剑水蚤。
在防治寄生虫病时，对欧洲鳗鲡、美洲鳗鲡要慎用敌百虫，更不要用硫酸铜。
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