稻田养鱼的成败，与管理有很大关系。管理除严格按稻田养鱼和种稻的技术规范实施外，每天需要通过巡田及时掌握稻、鱼生长情况，并针对性地采取管理措施。特别是在大雨、暴雨时候要防止漫田；检查进、出水口拦鱼设施功能是否完好；检查田埂是否完整，是否有人畜损坏，有无黄鳝、龙虾洞漏水、逃鱼；有无鼠害、鸟害，并及时采取补救措施。
一般在传统稻田养鱼的区域，已形成公共秩序，管理较为单纯；而新区则较为复杂，往往需通过技术与行政措施相结合才能奏效。为了便于管理，以成片、成大片开展稻田养鱼有利于管理。
此外，当稻田养鱼的鱼种放养密度较大、鱼产量较高（投饵型）时，也有鱼病发生。主要是做好预防，即定期对鱼沟、鱼溜利用杀虫剂、杀菌剂消毒，以清洁水质。发现鱼病对症治疗（详见本书有关问题解答）。值得注意的是，稻田水不深，沟、溜水体小，需慎重用药，注意药性，严控药量和妥善施用，以求既能防治鱼病，又不中毒死鱼。
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