所有微生物制剂的作用主要是通过有效调控水质或水体微生态环境，从而防止水产动物疾病的发生，有的种类也可参与动物体内微生态的调节。主要应用有以下几方面：
1、净化水质、消除有机物：养成期的养殖水体内会残留大量残饵、粪便、动植物尸体等有机物，它们在厌氧菌的作用下分解产生氨、硫化氢等有毒无机物，危害水产动物的生长。微生物水质净化剂在微生物代谢过程中具有气化、氨化、硝化、反硝化、解磷和固氮等作用，能将无机物质分解为二氧化碳、硝酸盐等无毒物质，最终被水体中的微藻利用，起到净水质的作用，目前常用的水质净化剂有芽孢杆菌、复合芽孢杆菌。
2、改良底质的作用：池底的剩余有机物在低溶氧的状态下分解产生氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有毒物质，我们在养殖过程中常用硫化氢氧化细菌分解氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，进而改良养殖池的底部环境。
3、参与水生动物肠道微生态调节：通过竞争作用，调节宿主体内菌群结构，抑制有害菌的生长，减少和预防疾病的发生。有益菌进入水生动物体内后，在动物肠道内分解产生生物酶和有益菌群，与致病菌争夺生存空间，定居部位及营养素等。
4、防止水生动物体内有毒物质的积累：水生动物机体在受到某些刺激而产生应激反应时，会导致肠道内的微生态环境失调，如肠道内需氧菌增加并使蛋白质分解产生胺、氨等有毒物质，从而使水生动物表现出病理状态。乳酸菌、链球菌、芽孢杆菌等可以阻止毒性胺和氨的合成。多数好氧菌产生超氧化物歧化酶（SOD），可帮助水生动物消除氧自由基。有些芽孢杆菌可在水生动物肠道内产生氨基酸化酶及分解硫化物的酶类，从而分解因饲料不妥善管理而带来的黄曲霉菌，减少对虾生长缓慢和食物中毒现象。
5、提高水生动物机体免疫力：能起到机体免疫激活剂的作用，能刺激水生动物产生干扰素，提高免疫球蛋白浓度和巨噬细胞的活性，通过非特异性免疫调节因子激发机体免疫力的增强。水生动物口服益生菌后，调节肠道内菌群结构，使肠道内的微生态平衡加以改善，活化肠粘膜内的相关淋巴组织，使自身抗体分泌增强，提高免疫识别能力，并诱导淋巴细胞再循环而活化全身的免疫系统而增强机体免疫力。
6、促进水生动物生长：微生物制剂对养殖水生动物的生长有一定的促进作用。
①作为饲料添加剂的微生态制剂，其菌体含有大量的营养物质，如蛋白质、矿物质和维生素等，为养殖动物补充营养。光合细菌的粗蛋白质含量高达65%，富含B族维生素、泛酸、生物素、叶酸、类胡萝卜素、钙、磷和多种微量元素及辅酶等。
② 一些微生物在发酵或代谢过程中产生促生长类活性物质、产生酶类并提高水生动物体内消化酶的活性，有助于水生动物对食物的消化和吸收，促进其生长和发育。
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